De gemeente Bunschoten wordt gevormd door de kern Bunschoten-Spakenburg, het aan de Eemdijk gesitueerde dorp Eemdijk en in het zuid-oosten de buurtschap Zevenhuizen. De beide oude kernen Bunschoten en Spakenburg zijn met name in de laatste vijftig jaar door verschillende nieuwbouwwijken dusdanig aan elkaar gegroeid, dat er voor de bebouwde kom één gezamenlijke naam wordt gehanteerd: Bunschoten-Spakenburg.
Van oorsprong zijn het echter twee sterk verschillende kernen met een geheel eigen karakter. Spakenburg staat bekend als het vissersdorp, oorspronkelijk gelegen aan de Zuiderzee, thans Eemmeer. Bunschoten is meer zuidelijk gelegen, heeft altijd het karakter van een boerendorp gehad en had in het verleden stadsrechten.
De kern Bunschoten heeft een bijzondere middeleeuwse structuur. De oorspronkelijk bedoelde en nooit voltooide aanleg van een stad met verdedigingswerken is herkenbaar gebleven in de ovaalvormige ringstructuur. De oorspronkelijke kern Spakenburg met zijn vele kleine vissershuisjes langs de oude en nieuwe haven, is enkele jaren geleden aangewezen als een van rijkswege beschermd dorpsgezicht.